Z vidika aplikacij se lahko magnetne kroglice uporabljajo za intelektualni razvoj otrok, ki jim pomagajo razumeti geometrijske oblike in prostorske strukture; za lajšanje stresa jih lahko uporabljajo tudi odrasli, ki se sprostijo ob igri z magnetnimi kroglicami; poleg tega se magnetne krogle uporabljajo v znanstvenih poskusih za prikaz osnovnih principov magnetnih polj in sil.
Pri uporabi magnetnih kroglic je treba upoštevati naslednje: Prvič, ker imajo magnetne kroglice močan magnetizem, jih ne postavljajte v bližino elektronskih naprav, da preprečite motnje pri njihovem normalnem delovanju; drugič, magnetne kroglice niso primerne za majhne otroke, saj lahko nenamerno zaužitje povzroči resne zdravstvene težave; končno, izogibajte se dolgotrajni izpostavljenosti magnetnih kroglic visokim temperaturam, saj lahko to vpliva na njihov magnetizem.